Mutkovič strávil väčšinu hráčskej kariéry v Slovane Bratislava, s ktorým
získal tri majstrovské tituly a raz vyhral Československý pohár. Bol
tiež súčasťou tímu, ktorý v roku 1969 triumfoval vo finále Pohára
víťazov pohárov nad FC Barcelona 3:2. Spoľahlivý obranca odohral po
desaťročnom angažmáne v Slovane aj jednu sezónu v Žiline, záverečné tri
roky hráčskej kariéry pôsobil v Rakúsku. Neskôr sa venoval práci s
mládežou, vo februári 1999 bol jeden z kandidátov na post prezidenta
SFZ.